Mesto Prešov si u spoločnosti A.P.H. ateliér, s.r.o. objednalo projektovú dokumentáciu pre územné rozhodnutie a dokumentáciu pre stavebné konanie, ktoré mali byť podkladom pre úspešnú realizáciu výstavby cykloželezničky. Zhotoviteľ, ktorým bola na základe verejného obstarávania firma Swietelsky-Slovakia spol. s r.o., predložil mestu Prešov potrebu navýšenia ceny diela o viac ako 500 tisíc eur z dôvodu nedostatkov v projekte, v dôsledku ktorých mali byť vykonané takzvané práce navyše. Projektant však pochybenie odmietol a mesto Prešov sa preto rozhodlo brániť súdnou cestou.
Mesto Prešov sa od júna 2019 domáhalo, aby súd uložil projektantovi cykloželezničky zaplatiť zmluvnú pokutu a náhradu škody vo výške 548.704,73 eur, ktorú projektant spôsobil mestu dodaním vadnej projektovej dokumentácie. Okresný súd Prešov v januári 2020 vyhovel žalobe mesta Prešov voči projektantovi cykloželezničky. Projektant následne proti tomuto rozsudku podal odvolanie, avšak Krajský súd v Prešove ho označil ako nedôvodné a potvrdil rozsudok Okresného súdu v prospech mesta Prešov.
„Po dva a pol roka trvajúcom spore s projektantom cykloželezničky sa nám podarilo dokázať, že v dôsledku chybného projektu bola mestu Prešov spôsobená viac ako pol miliónová škoda. Túto sumu budeme od projektanta bezodkladne vymáhať v plnej výške,“ uviedla primátorka mesta Prešov Andrea Turčanová.